增大了国内稻米市场供应压力。进口大米大量流入国内，每年达300万～400万吨（含非海关进口数量），折算成稻谷在500万～600万吨，在增加国内稻米供给的同时，不可避免地对已处于供大于求的国内稻米市场形成较大冲击，而其中受冲击最大的又是籼米等低端大米。
导致国内稻谷与大米价格走势不协调。由于稻谷有最低收购价托底，且最低收购价近年来每年都会上调，稻谷的价格重心每年都在上台阶。而大米市场则已完全市场化，价格随行就市。由于低价进口大米的冲击，大米价格始终难以跟上稻谷上涨的步伐，稻强米弱现象近年来较为突出，导致稻谷与大米比价混乱，且对国内稻谷价格形成一定拖累。
部分地区出现产销倒挂。稻谷主产区启动托市收购后，价格被托起，走势相对坚挺，米价也因而受到一定支撑。而销区米价因受低价进口大米和掺兑大米的冲击较大，有时甚至低于产区价格，形成产销倒挂。而且进口大米无论走私与否，基本上是从沿海或广西、云南进入，并逐渐向内陆渗入，与国内稻米的流向刚好相反。
进口大米的这种逆流向走势，使得稻米市场流通无序，不利于全国统一的稻米流通市场发展。
制约国内大米加工业的发展。由于稻强米弱较长时期存在和加工能力过剩，使得大米加工利润微薄甚至亏损，导致加工企业开工积极性不高。而国内外大米高达20%以上的价差，使得很多加工企业在利益驱使下干起了用进口大米掺兑的业务。
临储稻谷顺价销售难度增大。当最低收购价成了市场最高价格，如再考虑收购费用和保管费用，顺价销售的价格将会更高。而在整体米价趋弱的背景下，大米加工企业利润微薄，采购临储稻谷兴趣不大，顺价销售的难度将日益加大。自5月21日开始拍卖的临储稻谷也印证了这一点。所拍卖的临储稻谷，无论是2013年的新稻，还是以往的陈稻，总成交率只有一成多一点，且呈不断下滑之势，总体成交不太理想。同时，由于企业粮源既可以从国内获得，又可以通过进口取得。在国内与国际粮食供应均较便利的情况下，后期托市粮的顺价销售将更加困难。
托市收购效果打折。由于国内粮价大幅高于国际市场，进口压力不断增大，虽有进口额度配置等限制措施，但暴利之下，进口走私开始增多。
虽然新稻价格被临储收购托起，但大米价格与陈稻价格却受进口大米冲击低迷不振，我国的托市收购效果被国际低价粮的大量进口所抵销，而想以一国之力托起整个国际市场粮价既不现实也不可能。同时，因临储稻谷顺价销售不畅，临储稻谷的库存也迅速增大，目前已增加到4000万吨。
如果今年临储收购再次启动，临储稻谷的库存将更加庞大。如此既不利于国内稻米流通市场化的健康发展，财政资金占用压力也将成为一个沉重负担。
有害生物对国内农产品的影响不可估量。进口大米大量流入尤其是走私大米的进入，带来了较多的有害生物。如今年前4个月宁波检验检疫局从进口大米中共截获无芒稗、合萌等一般性有害生物9种41种次，疫情批次截获率达53.7%。而走私大米大多未经检验检疫，未知的有害生物到底带来了多少，会造成什么危害，现在依然是未知数，有效防控更难。
